Die „neue“ Austria Salzburg wurde 2006 von den Fanklubs nach der Abspaltung von Red Bull wiederbelebt. Hauptsächlich von den beiden größten Fan-vereinigungen, den „Union Ultras“ und den „Tough Guys“. Die Fanszene stellte auch lange Zeit die Führung des Klubs – für Kritiker mit ein Grund für einen laxen Umgang mit gewaltbereiten Fans. Bei den Neuwahlen im Juni dieses Jahres (erzwungen durch Ausschreitungen beim Stadtderby im Nonntal) übernahmen der Jurist Walter Windischbauer und der Hotelier Hans Gegenhuber (lange Jahre auch Vize unter Rudi Quehenberger) die Führung, beide Verfechter einer Null-Toleranz-Politik gegen Gewalt. Während im Schnitt gut 1000 Fans die Heimspiele von Austria Salzburg verfolgen, verirren sich zu „normalen“ Partien der Juniors nur etwa 200 Besucher.